Приорат всегда считали строением таинственным, мистическим. Одна за другой появлялись различные легенды. Самая яркая из них - легенда о существовании подземного хода, якобы соединявшего Приоратский дворец с Гатчинским императорским дворцом. Существовало поверье, что Павел I приказал соединить свой кабинет, находившийся на первом ярусе Часовой башни, с кабинетом приора Мальтийского ордена в Приоратском дворце.
Во время укрепления фундамента реставраторы неожиданно действительно наткнулись на подземный ход. Один из смельчаков прошел по нему около 100 метров, но двигаться дальше без специального снаряжения было рискованно. Свод подземного хода достигает высоты человеческого роста в начале и постепенно понижается. Внутри подземный ход выложен камнем. Предназначение загадочного туннеля точно не выяснено. По мнению реставраторов, ход пролегает под дном нескольких водоемов и является частью подземных коммуникаций старинной Гатчины, которые совершенно не исследованы.